24 tipologie di clima specifiche secondo Météo France. Con più del doppio di acqua della media francese, la regione Rhone-Alpes dispone di un potenziale idrografico eccezionale, con 7.000 chilometri di corsi d'acqua.
L'influenza oceanica è pero fortemente attenuata dalla barriera del Massif Central ad ovest, dalle corrente mediterranee del sud e dalle Alpi ad est (600 a 2.000 mm di pioggia all'anno): le tendenze anticicloniche sono dunque molto importanti.
Ai confini della regione, i cambiamenti di clima sono sensibili: in qualche decina di chilometri si passa improvvisamente da un clima umido ad un clima secco, mantenendo sempre il contrasto tra il clima di montagna e il clima mediterraneo.
Schiena dorsale della regione Rhone-Alpes, il corridoio formato dalle valle della Saona e del Rodano è relativamente secco.